Hingga kepengurusan tahun 2018-2019, FULDFK melingkupi sebanyak ## lembaga dakwah fakultas kedokteran di seluruh Indonesia. Dalam pelaksanaannya, LDFK tersebut dibagi dalam wilayah-wilayah tertentu untuk memudahkan koordinasi yang penyelenggaraannya difasilitasi oleh Dewan Eksekutif Wilayah. Sama dengan struktur pada DEP, terdapat juga struktur kepengurusan fungsional yang terdiri dari ketua, sekjend, bendum, dan departemen-departemen di DEW. Masaing-masing perangkat memiliki peran spesifik sesuai dengan fungsi-fungsi yang sedang dikembangkan oleh FULDFK.

Pembagian kepengurusan secara anatomis bisa dilihat pada peta dibawah ini, yang merepresentasikan seluruh LDFK (Lembaga Dakwah Fakultas Kedokteran) anggota FULDFK yang berada di provinsi tersebut.